| MirGeneDB ID | Xla-Mir-34-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-34b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-34-P1a Xla-Mir-34-P1b Xla-Mir-34-P2a1a Xla-Mir-34-P2a1b Xla-Mir-34-P2a2a Xla-Mir-34-P2a2b Xla-Mir-34-P2b1a Xla-Mir-34-P2b1b Xla-Mir-34-P2b2a Xla-Mir-34-P2b2b Xla-Mir-34-P2c1 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xla-Mir-34-P3b1 Xla-Mir-34-P3b2 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Mgi-Mir-34 Mom-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Tur-Mir-34 War-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030737.1: 49890676-49890736 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2c2) |
Mir-34-P2a1b
NC_030737.1: 49890675-49890736 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2c2 NC_030737.1: 49890676-49890736 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUACAUCUGUCCAAACUGUGUUAGGUUUUCAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGUGUUAUAUCAAAUGUGCAAUCACUAACUAAACUGCCAUCAAAACUUAACAUGAAAGUGCCGCAUCGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUACAUCUGUCCAAACU- CA-| G C GUUAUA GUGUUAGGUUUU GGCAGU UAGUUAG UGAUUGU U UACAAUUCAAAA CCGUCA AUCAAUC ACUAACG C AUAGCUACGCCGUGAAAG CUA^ A - UGUAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-34-P2c2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-34-P2c2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAUCACUAACUAAACUGCCAUC -61
Get sequence
|
