MirGeneDB ID | Cfa-Mir-197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-197 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-197 Cja-Mir-197 Cpo-Mir-197 Dno-Mir-197 Eca-Mir-197 Hsa-Mir-197 Laf-Mir-197 Mml-Mir-197 Mmr-Mir-197 Ocu-Mir-197 Pab-Mir-197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr6: 42271719-42271779 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACUGGAAUCUGUGCUCCGGGGGCUGUGCCGGGUAGAGAGGGCAGUGGGAGGUAAGAGCUCUUCACCCUUCACCACCUUCUCCACCCAGCAUGGCCGGCACACUAUGGUCUACGGCACAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUACUGGAAUCUGUGCUCCGGG--| C A CA GA UAAGAG GGCUGUGC GGGU GAGAGGG GUGG GG \ CCGGUACG CCCA CUCUUCC CACU CC C UACACGGCAUCUGGUAUCACACGG^ A C AC UC ACUUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-197_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGUAGAGAGGGCAGUGGGAGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-197_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUCACCACCUUCUCCACCCAGC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-197 miRDB: MIMAT0006698 |