MirGeneDB ID | Dan-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-988 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-988 Aga-Mir-988 Dme-Mir-988 Dmo-Mir-988 Dsi-Mir-988 Dya-Mir-988 Gpa-Mir-988 Hme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 2579731-2579788 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-988) |
Mir-281-P1-v1
scaffold_13266: 2568766-2568828 [+]
Ensembl
Mir-281-P1-v2 scaffold_13266: 2568767-2568827 [+] Ensembl Mir-281-P2 scaffold_13266: 2568952-2569020 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGGAAAGGUGUACUGGACAUUUUGGGUGUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAUAGGUAUUUGAUCAUCCCCUUGUUGCAAACCUCACGCCCAAGGUGCUUUCCAACGGCAACAUAUCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGGAAAGGUGUACU---| A UGA UG AGU AGGUA GG CAUUUUGGGUGUG UUUG GCAA GAU U UC GUGGAACCCGCAC AAAC UGUU CUA U GACUAUACAACGGCAACCUU^ - UCC GU CCC CUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dan-Mir-988_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dan-Mir-988_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCCCUUGUUGCAAACCUCACGC -58
Get sequence
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