| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-988 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-988 Aga-Mir-988 Dan-Mir-988 Dme-Mir-988 Dsi-Mir-988 Dya-Mir-988 Gpa-Mir-988 Hme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 6364119-6364177 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-988) |
Mir-281-P2-v1
scaffold_6496: 6376080-6376147 [-]
Ensembl
Mir-281-P2-v2 scaffold_6496: 6376080-6376147 [-] Ensembl Mir-281-P1-v1 scaffold_6496: 6376244-6376308 [-] Ensembl Mir-281-P1-v2 scaffold_6496: 6376245-6376307 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCUAUCAUGUGUAUUUGCGCAUUUUGGUCGUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAUGAGCUAUGAUUCCAUCCCCUUGUUGCAAACCUCACGCUGAAGGUGACGCAUAGCAGCAACAAUUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUCUAUCAUGUGUAUUU- - -| U UGA UG AGU GAGCUA GCG CAUUUU GG CGUG UUUG GCAA GAU \ CGC GUGGAA UC GCAC AAAC UGUU CUA U AAGUUAACAACGACGAUA A G^ - UCC GU CCC CCUUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-988_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-988_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCCCUUGUUGCAAACCUCACGC -59
Get sequence
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