MirGeneDB ID | Dme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-988 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-988 Aga-Mir-988 Dan-Mir-988 Dmo-Mir-988 Dsi-Mir-988 Dya-Mir-988 Gpa-Mir-988 Hme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 12158888-12158945 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-988) |
Mir-988
2R: 12158888-12158945 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-281-P2-v1 2R: 12170164-12170230 [-] UCSC Ensembl Mir-281-P2-v2 2R: 12170164-12170230 [-] UCSC Ensembl Mir-281-P1-v1 2R: 12170383-12170449 [-] UCSC Ensembl Mir-281-P1-v2 2R: 12170384-12170448 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGUUGACGGCGGUACCGGGCAUUUUGGGUGUGUGAUUUGUAGCAAAGUGAUAUGUAUUUGAUCAUCCCCUUGUUGCAAACCUCACGCCAAAGAUGAUCUGCGAAAUACACAGUGGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAGUUGACGGCGGUACC- -| G UGA AGU AUGUA GGG CAUUUU GGUGUG UUUGUAGCAA GAU U UCU GUAGAA CCGCAC AAACGUUGUU CUA U AUGGUGACACAUAAAGCG A^ A UCC CCC CUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-988_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020886 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGUGAUUUGUAGCAAAGUGAU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-988_3p |
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mirBase accession | MIMAT0005505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCCCUUGUUGCAAACCUCACGC -58
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005505 TargetScanFly: dme-miR-988 |