MirGeneDB ID | Ebu-Let-7-P2o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Let-7-P1e Ebu-Let-7-P2o6 Ebu-Let-7-P2o7 Ebu-Let-7-P2o9 Ebu-Let-7-P2o10 Ebu-Let-7-P2o11 Ebu-Let-7-P2o12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009579.1: 3000530-3000610 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCGGUUCUGCACACUUGUGUACUGUGGUUUGAGGUAGUAAGUUGUAUAGUUUUGAGGGGCUCUGACCCCCCCAACCCCUUGGGAAGCAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCCACGGUCACACACAGCUCAACAUAGAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GGCGGUUCUGCACACUU- -| UUU GU AG UUGAGGGGCUCUGACCC GUGU ACUGUGG GAG AGUA UUGUAUAGUU C CACA UGGCACC UUC UCAU AACAUAUCAA C AAAAGAUACAACUCGACA C^ CU- UG CU CGAAGGGUUCCCCAACC . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Let-7-P2o8_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Let-7-P2o8_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
60- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -81
Get sequence
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