MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Rph-Let-7

Family name

LET-7 (all species)

Seed

Species

Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum)

MiRBase ID

Paralogues

Orthologues

Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1b Aca-Let-7-P1c Aca-Let-7-P1d Aca-Let-7-P2a1 Aca-Let-7-P2a2 Aca-Let-7-P2a3 Aca-Let-7-P2a4 Aca-Let-7-P2b1 Aca-Let-7-P2b2 Aca-Let-7-P2b3 Aca-Let-7-P2b4 Aca-Let-7-P2c1 Aca-Let-7-P2c2 Aca-Let-7-P2c3 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Ami-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1d Ami-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c2 Ami-Let-7-P2c3 Asu-Let-7-P5 Asu-Let-7-P6 Ava-Let-7-P23 Ava-Let-7-P24 Bfl-Let-7-P3 Bfl-Let-7-P4 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bla-Let-7-P3 Bla-Let-7-P4 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1b Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P1d Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a2 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b2 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 Bta-Let-7-P2c3 Cbr-Let-7-P5 Cbr-Let-7-P6 Cbr-Let-7-P7 Cbr-Let-7-P8 Cel-Let-7-P5 Cel-Let-7-P6 Cel-Let-7-P7 Cel-Let-7-P8 Cel-Let-7-P9 Cfa-Let-7-P1b Cfa-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1d Cfa-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a2 Cfa-Let-7-P2a3 Cfa-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b2 Cfa-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c2 Cfa-Let-7-P2c3 Cin-Let-7-P1 Cin-Let-7-P2o1-v1 Cin-Let-7-P2o1-v2 Cin-Let-7-P2o2 Cin-Let-7-P2o3 Cin-Let-7-P2o4 Cin-Let-7-P2o5 Cja-Let-7-P1b Cja-Let-7-P1c Cja-Let-7-P1d Cja-Let-7-P2a1 Cja-Let-7-P2a2 Cja-Let-7-P2a3 Cja-Let-7-P2b1 Cja-Let-7-P2b2 Cja-Let-7-P2b3 Cja-Let-7-P2c1 Cja-Let-7-P2c2 Cja-Let-7-P2c3 Cli-Let-7-P1c Cli-Let-7-P1d Cli-Let-7-P2a1 Cli-Let-7-P2a2 Cli-Let-7-P2a4 Cli-Let-7-P2b1 Cli-Let-7-P2b2 Cli-Let-7-P2b4 Cli-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c2 Cli-Let-7-P2c3 Cmi-Let-7-P1d Cmi-Let-7-P2a1 Cmi-Let-7-P2a2 Cmi-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2b2 Cmi-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c2 Cmi-Let-7-P2c3 Cmi-Let-7-P2c4 Cpi-Let-7-P1b Cpi-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1d Cpi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a2 Cpi-Let-7-P2a3 Cpi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b2 Cpi-Let-7-P2b3 Cpi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c2 Cpi-Let-7-P2c3 Cpo-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a3 Cpo-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b2 Cpo-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c2 Cpo-Let-7-P2c3 Csc-Let-7-P18a Csc-Let-7-P18b Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dgr-Let-7-P23 Dgr-Let-7-P24 Dgr-Let-7-P25 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dno-Let-7-P1d Dno-Let-7-P2a1 Dno-Let-7-P2a2 Dno-Let-7-P2a3 Dno-Let-7-P2b1 Dno-Let-7-P2b2 Dno-Let-7-P2b3 Dno-Let-7-P2c1 Dno-Let-7-P2c2 Dno-Let-7-P2c3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1b1 Dre-Let-7-P1b2 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dre-Let-7-P1d1 Dre-Let-7-P1d2 Dre-Let-7-P2a1a Dre-Let-7-P2a2a Dre-Let-7-P2a2b Dre-Let-7-P2a3a Dre-Let-7-P2a3b Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dre-Let-7-P2b1a Dre-Let-7-P2b2a Dre-Let-7-P2b2b Dre-Let-7-P2b3a Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dre-Let-7-P2c2b Dre-Let-7-P2c3 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Ebu-Let-7-P1e Ebu-Let-7-P2o6 Ebu-Let-7-P2o7 Ebu-Let-7-P2o8 Ebu-Let-7-P2o9 Ebu-Let-7-P2o10 Ebu-Let-7-P2o11 Ebu-Let-7-P2o12 Eca-Let-7-P1b Eca-Let-7-P1c Eca-Let-7-P1d Eca-Let-7-P2a1 Eca-Let-7-P2a2 Eca-Let-7-P2a3 Eca-Let-7-P2b1 Eca-Let-7-P2b2 Eca-Let-7-P2b3 Eca-Let-7-P2c1 Eca-Let-7-P2c2 Eca-Let-7-P2c3 Efe-Let-7-P10 Efe-Let-7-P11 Efe-Let-7-P12 Efe-Let-7-P13 Efe-Let-7-P14 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1b Ete-Let-7-P1c Ete-Let-7-P1d Ete-Let-7-P2a1 Ete-Let-7-P2a2 Ete-Let-7-P2a3 Ete-Let-7-P2b1 Ete-Let-7-P2b2 Ete-Let-7-P2b3 Ete-Let-7-P2c1 Ete-Let-7-P2c2 Ete-Let-7-P2c3 Gga-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1d Gga-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a4 Gga-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b2 Gga-Let-7-P2b4 Gga-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c2 Gga-Let-7-P2c3 Gja-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1d Gja-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a2 Gja-Let-7-P2a3 Gja-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b2 Gja-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2c1 Gja-Let-7-P2c2 Gja-Let-7-P2c3 Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Gmo-Let-7-P1c2 Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Gmo-Let-7-P2a1a Gmo-Let-7-P2a2a Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Gmo-Let-7-P2b1a Gmo-Let-7-P2b2a Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Gmo-Let-7-P2c2a Gmo-Let-7-P2c2b Gmo-Let-7-P2c3 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Hsa-Let-7-P1b Hsa-Let-7-P1c Hsa-Let-7-P1d Hsa-Let-7-P2a1 Hsa-Let-7-P2a2 Hsa-Let-7-P2a3 Hsa-Let-7-P2b1 Hsa-Let-7-P2b2 Hsa-Let-7-P2b3 Hsa-Let-7-P2c1 Hsa-Let-7-P2c2 Hsa-Let-7-P2c3 Isc-Let-7 Laf-Let-7-P1b Laf-Let-7-P1c Laf-Let-7-P1d Laf-Let-7-P2a1 Laf-Let-7-P2a2 Laf-Let-7-P2a3 Laf-Let-7-P2b1 Laf-Let-7-P2b2 Laf-Let-7-P2b3 Laf-Let-7-P2c1 Laf-Let-7-P2c2 Laf-Let-7-P2c3 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1b Lch-Let-7-P1c Lch-Let-7-P1d Lch-Let-7-P2a1 Lch-Let-7-P2a2 Lch-Let-7-P2a3 Lch-Let-7-P2a4 Lch-Let-7-P2b1 Lch-Let-7-P2b2 Lch-Let-7-P2b4 Lch-Let-7-P2c1 Lch-Let-7-P2c2 Lch-Let-7-P2c3 Lch-Let-7-P2c4 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Loc-Let-7-P1b Loc-Let-7-P1c Loc-Let-7-P1d Loc-Let-7-P2a1 Loc-Let-7-P2a2 Loc-Let-7-P2a3 Loc-Let-7-P2a4 Loc-Let-7-P2b1 Loc-Let-7-P2b2 Loc-Let-7-P2b3 Loc-Let-7-P2b4 Loc-Let-7-P2c1 Loc-Let-7-P2c2 Loc-Let-7-P2c3 Lpo-Let-7-P15 Lpo-Let-7-P16 Lpo-Let-7-P17 Mal-Let-7-P1b1 Mal-Let-7-P1b2 Mal-Let-7-P1c2 Mal-Let-7-P1d1 Mal-Let-7-P1d2 Mal-Let-7-P2a1a Mal-Let-7-P2a2a Mal-Let-7-P2a2b Mal-Let-7-P2a3a Mal-Let-7-P2a3b Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mal-Let-7-P2b1a Mal-Let-7-P2b2a Mal-Let-7-P2b2b Mal-Let-7-P2b3a Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mal-Let-7-P2c2b Mal-Let-7-P2c3 Mdo-Let-7-P1b Mdo-Let-7-P1d Mdo-Let-7-P2a1 Mdo-Let-7-P2a2 Mdo-Let-7-P2a3 Mdo-Let-7-P2b1 Mdo-Let-7-P2b2 Mdo-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c2 Mdo-Let-7-P2c3 Mgi-Let-7 Mml-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1c Mml-Let-7-P1d Mml-Let-7-P2a1 Mml-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b3 Mml-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c2 Mml-Let-7-P2c3 Mmr-Let-7-P1b Mmr-Let-7-P1c Mmr-Let-7-P1d Mmr-Let-7-P2a1 Mmr-Let-7-P2a2 Mmr-Let-7-P2a3 Mmr-Let-7-P2b1 Mmr-Let-7-P2b2 Mmr-Let-7-P2b3 Mmr-Let-7-P2c1 Mmr-Let-7-P2c2 Mmr-Let-7-P2c3 Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 Mom-Let-7 Mun-Let-7-P1b Mun-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1d Mun-Let-7-P2a1 Mun-Let-7-P2a2 Mun-Let-7-P2a3 Mun-Let-7-P2a4 Mun-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b2 Mun-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b4 Mun-Let-7-P2c1 Mun-Let-7-P2c2 Mun-Let-7-P2c3 Mun-Let-7-P2c4 Nag-Let-7-P26 Nag-Let-7-P27 Neu-Let-7-P1c Neu-Let-7-P1d Neu-Let-7-P2a2 Neu-Let-7-P2a3 Neu-Let-7-P2b1 Neu-Let-7-P2b2 Neu-Let-7-P2c1 Neu-Let-7-P2c2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1b Oan-Let-7-P1c Oan-Let-7-P1d Oan-Let-7-P2a1 Oan-Let-7-P2a2 Oan-Let-7-P2a3 Oan-Let-7-P2a4 Oan-Let-7-P2b1 Oan-Let-7-P2b2 Oan-Let-7-P2b3 Oan-Let-7-P2b4 Oan-Let-7-P2c1 Oan-Let-7-P2c2 Oan-Let-7-P2c3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1b Ocu-Let-7-P1c Ocu-Let-7-P1d Ocu-Let-7-P2a1 Ocu-Let-7-P2a2 Ocu-Let-7-P2a3 Ocu-Let-7-P2b1 Ocu-Let-7-P2b2 Ocu-Let-7-P2b3 Ocu-Let-7-P2c1 Ocu-Let-7-P2c2 Ocu-Let-7-P2c3 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pab-Let-7-P1b Pab-Let-7-P1c Pab-Let-7-P1d Pab-Let-7-P2a1 Pab-Let-7-P2a2 Pab-Let-7-P2a3 Pab-Let-7-P2b1 Pab-Let-7-P2b2 Pab-Let-7-P2b3 Pab-Let-7-P2c1 Pab-Let-7-P2c2 Pab-Let-7-P2c3 Pau-Let-7 Pbv-Let-7-P1b Pbv-Let-7-P1c Pbv-Let-7-P1d Pbv-Let-7-P2a1 Pbv-Let-7-P2a2 Pbv-Let-7-P2a3 Pbv-Let-7-P2a4 Pbv-Let-7-P2b1 Pbv-Let-7-P2b2 Pbv-Let-7-P2b3 Pbv-Let-7-P2b4 Pbv-Let-7-P2c1 Pbv-Let-7-P2c2 Pbv-Let-7-P2c3 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pma-Let-7-P1o1 Pma-Let-7-P2o13 Pma-Let-7-P2o14 Pma-Let-7-P2o15 Pma-Let-7-P2o16 Pma-Let-7-P2o17 Pma-Let-7-P2o18 Pma-Let-7-P2o19 Pma-Let-7-P2o20 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rno-Let-7-P1b Rno-Let-7-P1c Rno-Let-7-P1d Rno-Let-7-P2a1 Rno-Let-7-P2a2 Rno-Let-7-P2a3 Rno-Let-7-P2b1 Rno-Let-7-P2b2 Rno-Let-7-P2b3 Rno-Let-7-P2c1 Rno-Let-7-P2c2 Rno-Let-7-P2c3 Sha-Let-7-P1b Sha-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1d Sha-Let-7-P2a1 Sha-Let-7-P2a2 Sha-Let-7-P2a3 Sha-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b2 Sha-Let-7-P2c1 Sha-Let-7-P2c2 Sha-Let-7-P2c3 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sme-Let-7-P19a Sme-Let-7-P19b Sme-Let-7-P20a Sme-Let-7-P20b Sme-Let-7-P21 Sme-Let-7-P22 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spt-Let-7-P1b Spt-Let-7-P1c Spt-Let-7-P1d Spt-Let-7-P2a1 Spt-Let-7-P2a2 Spt-Let-7-P2a3 Spt-Let-7-P2a4 Spt-Let-7-P2b1 Spt-Let-7-P2b2 Spt-Let-7-P2b3 Spt-Let-7-P2b4 Spt-Let-7-P2c1 Spt-Let-7-P2c2 Spt-Let-7-P2c3 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Sto-Let-7-P1b Sto-Let-7-P1c Sto-Let-7-P1d Sto-Let-7-P2a1 Sto-Let-7-P2a2 Sto-Let-7-P2a3 Sto-Let-7-P2b2 Sto-Let-7-P2b3 Sto-Let-7-P2c1 Sto-Let-7-P2c2 Sto-Let-7-P2c3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Tgu-Let-7-P1d Tgu-Let-7-P2a1 Tgu-Let-7-P2a2 Tgu-Let-7-P2a3 Tgu-Let-7-P2a4 Tgu-Let-7-P2b1 Tgu-Let-7-P2b2 Tgu-Let-7-P2b4 Tgu-Let-7-P2c1 Tgu-Let-7-P2c2 Tgu-Let-7-P2c3 Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1b2 Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Tni-Let-7-P2a3a Tni-Let-7-P2a3b Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Tni-Let-7-P2b2a Tni-Let-7-P2b2b Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Tni-Let-7-P2c2a Tni-Let-7-P2c2b Tni-Let-7-P2c3 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1b3 Xla-Let-7-P1b4 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 Xla-Let-7-P2a1c Xla-Let-7-P2a1d Xla-Let-7-P2a2c Xla-Let-7-P2a2d Xla-Let-7-P2a3d Xla-Let-7-P2b2c Xla-Let-7-P2b2d Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xla-Let-7-P2c2 Xla-Let-7-P2c3c Xla-Let-7-P2c3d Xla-Let-7-P2c4 Xtr-Let-7-P1b Xtr-Let-7-P1c Xtr-Let-7-P2a1 Xtr-Let-7-P2a2 Xtr-Let-7-P2a3 Xtr-Let-7-P2b2 Xtr-Let-7-P2b3 Xtr-Let-7-P2c2 Xtr-Let-7-P2c3 Xtr-Let-7-P2c4

Node of Origin (locus)

Bilateria

Node of Origin (family)

Bilateria

Genome context
(Ruditapes_GCA_009026015)

CM018531.1: 24991230-24991295 [-] Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

AGAAUCUUGACAGAAAGCAUGGAUACUAGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUAGAACUACACCAUACAGGAGAACUAUUCAACCUUCUAGCUUUCCUAGUGACAUGAUAAUCUACACCAUACAGGA

Get precursor sequence

Structure

        10           20        30        40        50        60  
AGAAUCUUGACAGAAAG---|   GA      AU   G   U      U      AGAACUACA 
                    CAUG  UACUAG  GAG UAG AGGUUG AUAGUU         C
                    GUAC  GUGAUC  UUC AUC UCCAAC UAUCAA         C
AGGACAUACCACAUCUAAUA^   A-      CU   G   U      U      GAGGACAUA 
    120       110        100        90        80        70

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

No

Motifs

CNNC at 3p(+17)

Tissue expression

-

+

Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru	Ru

Mature sequence

Rph-Let-7_5p

mirBase accession

None

Sequence

0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22

Get sequence

Star sequence

Rph-Let-7_3p*

mirBase accession

None

Sequence

44- CUAUUCAACCUUCUAGCUUUCC -66

Get sequence