MirGeneDB ID | Mmu-Let-7-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-let-7f-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a3 Cfa-Let-7-P2a3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2a3 Cpo-Let-7-P2a3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a3a Dre-Let-7-P2a3b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a3 Gja-Let-7-P2a3 Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a3 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a3 Mal-Let-7-P2a3a Mal-Let-7-P2a3b Mdo-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2a3 Mun-Let-7-P2a3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a3 Sha-Let-7-P2a3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a3 Tni-Let-7-P2a3a Tni-Let-7-P2a3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a3d Xtr-Let-7-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 151912353-151912423 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a3) |
Let-7-P2a3
chrX: 151912353-151912423 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b3 chrX: 151913229-151913307 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGAAGACAGACACUGGUGCUCUGUGGGAUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUUUAGGGUCAUACCCCAUCUUGGAGAUAACUAUACAGUCUACUGUCUUUCCCACGGUGGUACACUUCCCAUCCAACUAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGAAGACAGACACUG- -| U GU UUAGGGUCAUAC GUGCU CUGUGGGA GAG AGUAGAUUGUAUAGUU C CAUGG GGCACCCU UUC UCAUCUGACAUAUCAA C CGAUCAACCUACCCUUCA U^ - UG UAGAGGUUCUAC . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Let-7-P2a3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000525 TargetScanVert: mmu-let-7f-5p miRDB: MIMAT0000525 |
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Star sequence | Mmu-Let-7-P2a3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CUAUACAGUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-let-7f-2-3p miRDB: MIMAT0017017 |