MirGeneDB ID | Mal-Let-7-P2a3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mal-Let-7-P1b1 Mal-Let-7-P1b2 Mal-Let-7-P1c2 Mal-Let-7-P1d1 Mal-Let-7-P1d2 Mal-Let-7-P2a1a Mal-Let-7-P2a2a Mal-Let-7-P2a2b Mal-Let-7-P2a3b Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mal-Let-7-P2b1a Mal-Let-7-P2b2a Mal-Let-7-P2b2b Mal-Let-7-P2b3a Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mal-Let-7-P2c2b Mal-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a3 Cfa-Let-7-P2a3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2a3 Cpo-Let-7-P2a3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a3a Dre-Let-7-P2a3b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a3 Gja-Let-7-P2a3 Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a3 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a3 Mdo-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2a3 Mun-Let-7-P2a3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a3 Sha-Let-7-P2a3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a3 Tni-Let-7-P2a3a Tni-Let-7-P2a3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a3d Xtr-Let-7-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884694.1: 2728900-2728970 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCAAGCUGCCAGUAGAGCGUGCUGUGGGAUGAGGUAGUAGUUUGUAUAGUUUUAGGAUCACACCAGAUCUUGGAGAUAACUAUACAGUCUACUGUCUUUCUUAAGGCAACGCCAUUCCAGCUUGACAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAAGCUGCCAGUAGA- -| G U GU U UUAGGAUCACAC GCG UGCU UGGGA GAG AGUAG UUGUAUAGUU C CGC ACGG AUUCU UUC UCAUC GACAUAUCAA A UCUACAGUUCGACCUUAC A^ A - UG U UAGAGGUUCUAG . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U is supported by the conservation of Let7-P2 processing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mal-Let-7-P2a3a_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGUUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Mal-Let-7-P2a3a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CUAUACAGUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
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