MirGeneDB ID | Mmu-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-let-7c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a2 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a2 Cfa-Let-7-P2a2 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a2 Cmi-Let-7-P2a2 Cpi-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a2 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a2 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a2a Dre-Let-7-P2a2b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a2 Gja-Let-7-P2a2 Gmo-Let-7-P2a2a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a2 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a2 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a2 Mal-Let-7-P2a2a Mal-Let-7-P2a2b Mdo-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a2 Mun-Let-7-P2a2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a2 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a2 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a2 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a2 Sha-Let-7-P2a2 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a2 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a2 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a2c Xla-Let-7-P2a2d Xtr-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 85706616-85706684 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a2) |
Let-7-P2a2
chr15: 85706616-85706684 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b2 chr15: 85707325-85707399 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACGCCAAGACUGACUGACGGCCUUUGGGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUUGGGCUCUGCCCCGCUCUGCGGUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUGAAGUGGCCGCAAUAUCUGCAGUGGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACGCCAAGACUGACUGA -| G U GU UUGGGCUCUGC CGGCC UUU GGG GAG AGUAGGUUGUAUGGUU C GCCGG GAA UCC UUC UCAUCUAACAUAUCAA C AUAGGUGACGUCUAUAAC U^ G U UG UGGCGUCUCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Let-7-P2a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000523 TargetScanVert: mmu-let-7c-5p miRDB: MIMAT0000523 |
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Star sequence | Mmu-Let-7-P2a2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0005439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -69
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005439 TargetScanVert: mmu-let-7c-2-3p miRDB: MIMAT0005439 |