MirGeneDB ID | Bta-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-let-7a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Let-7-P1b Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P1d Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b2 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 Bta-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a2 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cfa-Let-7-P2a2 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a2 Cmi-Let-7-P2a2 Cpi-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a2 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a2 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a2a Dre-Let-7-P2a2b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a2 Gja-Let-7-P2a2 Gmo-Let-7-P2a2a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a2 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a2 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a2 Mal-Let-7-P2a2a Mal-Let-7-P2a2b Mdo-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a2 Mun-Let-7-P2a2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a2 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a2 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a2 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a2 Sha-Let-7-P2a2 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a2 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a2 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a2c Xla-Let-7-P2a2d Xtr-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037332.1: 116408413-116408481 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a2) |
Let-7-P2a2
NC_037332.1: 116408413-116408481 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b2 NC_037332.1: 116409215-116409290 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCCGAGACUGACCGACGGCCCUUUGGGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGGGCUCUGCCCUGCUAUGGGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUGAAGUGGCUGUAAUACCGACAGCGGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCGAGACUGACCGA- -| UG U GU UGGGGCUCUGC CGGCC CUU GGG GAG AGUAGGUUGUAUAGUU C GUCGG GAA CCU UUC UCAUCUAACAUAUCAA C ACCGGCGACAGCCAUAAU U^ GU - UG UAGGGUAUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Let-7-P2a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7a-5p |
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Star sequence | Bta-Let-7-P2a2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -69
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7a-3p |