MirGeneDB ID | Bta-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-let-7g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Let-7-P1b Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P1d Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a2 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b2 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c3 Ami-Let-7-P2c3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cfa-Let-7-P2c3 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c3 Cmi-Let-7-P2c3 Cpi-Let-7-P2c3 Cpo-Let-7-P2c3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2c3 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c3 Gga-Let-7-P2c3 Gja-Let-7-P2c3 Gmo-Let-7-P2c3 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c3 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c3 Mal-Let-7-P2c3 Mdo-Let-7-P2c3 Mml-Let-7-P2c3 Mmu-Let-7-P2c3 Mun-Let-7-P2c3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c3 Sha-Let-7-P2c3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c3 Tni-Let-7-P2c3 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2c3c Xla-Let-7-P2c3d Xtr-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037349.1: 48636411-48636488 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c3) |
Mir-135-P1
NC_037349.1: 48588917-48588976 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2c3 NC_037349.1: 48636411-48636488 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCUUCGUAUCCUUUUGCCUGAUUCCAGGCUGAGGUAGUAGUUUGUACAGUUUGAGGGUCUAUGAUACCACCCGGUACAGGAGAUAACUGUACAGGCCACUGCCUUGCCGGGAACAGUGCGCCGGCUACCGAGUGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCUUCGUAUCCUUUUGC---| A A U A UGAGGGUCUAUGAUAC CUG UUCC GGC GAGGUAGU GUUUGUACAGUU \ GAC AAGG CCG UUCCGUCA CGGACAUGUCAA C GGGGUGAGCCAUCGGCCGCGU^ - G - C UAGAGGACAUGGCCCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Let-7-P2c3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7g |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Let-7-P2c3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUGUACAGGCCACUGCCUUGC -78
Get sequence
|