MirGeneDB ID | Cli-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-let-7g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Let-7-P1c Cli-Let-7-P1d Cli-Let-7-P2a1 Cli-Let-7-P2a2 Cli-Let-7-P2a4 Cli-Let-7-P2b1 Cli-Let-7-P2b2 Cli-Let-7-P2b4 Cli-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c3 Ami-Let-7-P2c3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c3 Cfa-Let-7-P2c3 Cgi-Let-7 Cmi-Let-7-P2c3 Cpi-Let-7-P2c3 Cpo-Let-7-P2c3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2c3 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c3 Gga-Let-7-P2c3 Gja-Let-7-P2c3 Gmo-Let-7-P2c3 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c3 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c3 Mal-Let-7-P2c3 Mdo-Let-7-P2c3 Mml-Let-7-P2c3 Mmu-Let-7-P2c3 Mun-Let-7-P2c3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c3 Sha-Let-7-P2c3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c3 Tni-Let-7-P2c3 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2c3c Xla-Let-7-P2c3d Xtr-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold335: 757947-758024 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c3) |
Let-7-P2c3
scaffold335: 757947-758024 [-]
Mir-135-P1 scaffold335: 781848-781908 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACCUAAUUCUUCUUGCCUGAUUCCAGGCUGAGGUAGUAGUUUGUACAGUUUGAGGGUCUAUGAUACCACCCGGUACAGGAGAUAACUGUACAGGCCACUGCCUUGCCUGGGACAGAGCACUGCCAACAGAAAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACCUAAUUCUUCUUGC---| A U A UGAGGGUCUAUGAUAC CUG UUCCAGGC GAGGUAGU GUUUGUACAGUU \ GAC AGGGUCCG UUCCGUCA CGGACAUGUCAA C CAGGAAAGACAACCGUCACGA^ - - C UAGAGGACAUGGCCCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Let-7-P2c3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Let-7-P2c3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUGUACAGGCCACUGCCUUGC -78
Get sequence
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