| MirGeneDB ID | Cli-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-135-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P1 Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cja-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Eca-Mir-135-P1 Ete-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Laf-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmr-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Oan-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pab-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Pma-Mir-135-o1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold335: 781848-781908 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P1) |
Let-7-P2c3
scaffold335: 757947-758024 [-]
Mir-135-P1 scaffold335: 781848-781908 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAUGGAGCAGCUCAUGGCCUGCUGUCUUGUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUAUACAUCCCACUUCAUAUAGGGAUUGAAGCCGUGCAAUACACUGGGGUACUACGGCGGAGAACAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAUGGAGCAGCUCAUGG--| GC C UU UUAUAC CCU UGU UUGUAUGGCUUU AUUCCUAUGUGA A GGG ACA AACGUGCCGAAG UAGGGAUAUACU U CGACAAGAGGCGGCAUCAUG^ UC U U- UCACCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-135-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-135-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAUAGGGAUUGAAGCCGUGCA -61
Get sequence
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