| MirGeneDB ID | Cja-Mir-135-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P1 Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cli-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Eca-Mir-135-P1 Ete-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Laf-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmr-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Oan-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pab-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Pma-Mir-135-o1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021929.1: 28590992-28591051 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAAGAGCAGCCCCAGGCCUCGCUGUUCUCUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUCUACUGCUAACUCAUAUAGGGAUUGGAGCCGUGGCGCACGGCGGGGACACCCAGCAGAGGGCUCUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAAGAGCAGCCCCAGG--| UCU UU UUCUAC CCUCGCUGU CUAUGGCUUU AUUCCUAUGUGA \ GGGGCGGCA GGUGCCGAGG UAGGGAUAUACU U UCUCGGGAGACGACCCACA^ CGC U- CAAUCG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-135-P1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-135-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAUAGGGAUUGGAGCCGUGGC -60
Get sequence
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