MirGeneDB ID | Bta-Let-7-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-let-7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Let-7-P1b Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P1d Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a2 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 Bta-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b2 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cfa-Let-7-P2b2 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b2 Cmi-Let-7-P2b2 Cpi-Let-7-P2b2 Cpo-Let-7-P2b2 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b2 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b2a Dre-Let-7-P2b2b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b2 Gga-Let-7-P2b2 Gja-Let-7-P2b2 Gmo-Let-7-P2b2a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b2 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b2 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b2 Mal-Let-7-P2b2a Mal-Let-7-P2b2b Mdo-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b2 Mun-Let-7-P2b2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b2 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b2 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b2 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b2 Sha-Let-7-P2b2 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b2 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b2 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b2 Tni-Let-7-P2b2a Tni-Let-7-P2b2b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b2c Xla-Let-7-P2b2d Xtr-Let-7-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037332.1: 116409215-116409290 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b2) |
Let-7-P2a2
NC_037332.1: 116408413-116408481 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b2 NC_037332.1: 116409215-116409290 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACCCUCUCACCCCCGGGUGCCGGCGGGGUGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUUUCAGGGUAGUGAUGUUGCCCCCUCGGAAGAUAACUAUACAACCUACUGCCUUCCUCGAGGGGCCCAGUGACGUCCACGGAGGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACCCUCUCACCCCCG---| G GG U UCAGGGUAGUGAUGU GGU CC CGGGG GAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU \ CCG GG GCUCC UUCCGUCAUCCAACAUAUCAA U UGGGAGGCACCUGCAGUGAC^ G A- - UAGAAGGCUCCCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Let-7-P2b2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7b |
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Star sequence | Bta-Let-7-P2b2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
55- CUAUACAACCUACUGCCUUCC -76
Get sequence
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