MirGeneDB ID | Mdo-Let-7-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-let-7f-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Let-7-P1b Mdo-Let-7-P1d Mdo-Let-7-P2a1 Mdo-Let-7-P2a2 Mdo-Let-7-P2a3 Mdo-Let-7-P2b2 Mdo-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c2 Mdo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b1 Gmo-Let-7-P2b1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b1 Mal-Let-7-P2b1a Mml-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b1 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
6: 256412448-256412524 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b1) |
Let-7-P2c1
6: 256407639-256407713 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 6: 256412448-256412524 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 6: 256413199-256413270 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGAUCACCAUUUAUAUUGCUCUAUCAGAGUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUGUGGGGUAGUGAUUUUACCCUGUUCAGGAGAUAACUAUACAAUCUAUUGCCUUCCCUGAGGAGUAGACAUUCUACUGUUCAUUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGAUCACCAUUUAUAU---| A AGU GUGGGGUAGUGAUUU UGCUCU UCAG GAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU U AUGAGG AGUC UUCCGUUAUCUAACAUAUCAA A CGUUACUUGUCAUCUUACAG^ - CC- UAGAGGACUUGUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mdo-Let-7-P2b1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-let-7f-5p |
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Star sequence | Mdo-Let-7-P2b1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAAUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-let-7f-1-3p |