MirGeneDB ID | Tgu-Let-7-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-let-7f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Let-7-P1c Tgu-Let-7-P1d Tgu-Let-7-P2a1 Tgu-Let-7-P2a2 Tgu-Let-7-P2a3 Tgu-Let-7-P2a4 Tgu-Let-7-P2b2 Tgu-Let-7-P2b4 Tgu-Let-7-P2c1 Tgu-Let-7-P2c2 Tgu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b1 Gmo-Let-7-P2b1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b1 Mal-Let-7-P2b1a Mdo-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b1 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
12: 19655525-19655601 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b1) |
Mir-2987
12: 19651218-19651275 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2c1 12: 19654532-19654606 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2b1 12: 19655525-19655601 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 12: 19655935-19656006 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCUGCUGAGCCCUUGCUUCUCUGUCAGAGUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUGUAGGGUAGUUAUUUUACCCUGUUCAGGAGAUAACUAUACAAUCUAUUGCCUUCCCUGAGGAGUAAAACAAACUGCUCUCCCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCUGCUGAGCCCUUGCUU---| G AGU GUAGGGUAGUUAUUU CUCU UCAG GAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU U GAGG AGUC UUCCGUUAUCUAACAUAUCAA A GUUCCCUCUCGUCAAACAAAAU^ - CC- UAGAGGACUUGUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tgu-Let-7-P2b1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tgu-Let-7-P2b1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAAUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
|