| MirGeneDB ID | Mdo-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-let-7a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Let-7-P1b Mdo-Let-7-P1d Mdo-Let-7-P2a2 Mdo-Let-7-P2a3 Mdo-Let-7-P2b1 Mdo-Let-7-P2b2 Mdo-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c2 Mdo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a1 Cmi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a1 Gmo-Let-7-P2a1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a1 Mal-Let-7-P2a1a Mml-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a1 Mun-Let-7-P2a1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a1 Sha-Let-7-P2a1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a1 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a1c Xla-Let-7-P2a1d Xtr-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
6: 256413199-256413270 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a1) |
Let-7-P2c1
6: 256407639-256407713 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 6: 256412448-256412524 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 6: 256413199-256413270 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACAACUAAAACAAAUCUCCACUGUGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCUUAAAGUGGGAGGAAAUCUCCAGGAGUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUACAACUAAAACAAAU- -| G U GU UUAGGGUCACACC CU CCACU UGGGA GAG AGUAGGUUGUAUAGUU \ GA GGUGA AUUCU UUC UCAUCUAACAUAUCAA C UUAUGAGGACCUCUAAAG G^ A - UG UAGAGGGUCACCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U in human is supported by the CAGE data from de Rie et al. (2017). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Let-7-P2a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-let-7a-5p |
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| Star sequence | Mdo-Let-7-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
51- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -72
Get sequence
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