MirGeneDB ID | Mml-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-let-7a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1c Mml-Let-7-P1d Mml-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b3 Mml-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c2 Mml-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a1 Cmi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a1 Gmo-Let-7-P2a1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a1 Mal-Let-7-P2a1a Mdo-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a1 Mun-Let-7-P2a1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a1 Sha-Let-7-P2a1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a1 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a1c Xla-Let-7-P2a1d Xtr-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr15: 44322728-44322799 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a1) |
Let-7-P2a1
chr15: 44322728-44322799 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 chr15: 44323118-44323194 [+] UCSC Ensembl Let-7-P2c1 chr15: 44325593-44325667 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCACCCUGGAUGUUCUCUUCACUGUGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAACGUGAUAGAAAAGUCUGCAUCCAGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCACCCUGGAUGUUCU- -| UG U GU UUAGGGUCACACC CU UCAC UGGGA GAG AGUAGGUUGUAUAGUU \ GA AGUG AUCCU UUC UCAUCUAACAUAUCAA C CGGACCUACGUCUGAAAA U^ CA - UG UAGAGGGUCACCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Let-7-P2a1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-let-7a-5p |
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Star sequence | Mml-Let-7-P2a1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
51- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -72
Get sequence
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