MirGeneDB ID | Mml-Let-7-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-let-7a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1c Mml-Let-7-P2a1 Mml-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b3 Mml-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c2 Mml-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1d Ami-Let-7-P1d Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1d Cfa-Let-7-P1d Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1d Cmi-Let-7-P1d Cpi-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P1d Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1d Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1d1 Dre-Let-7-P1d2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1d Gga-Let-7-P1d Gja-Let-7-P1d Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1d Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1d Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1d Mal-Let-7-P1d1 Mal-Let-7-P1d2 Mdo-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P1d Mun-Let-7-P1d Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1d Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1d Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1d Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1d Sha-Let-7-P1d Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1d Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1d Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1d Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr14: 115000986-115001052 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1d) |
Mir-10-P3d
chr14: 114954047-114954108 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1d chr14: 115000986-115001052 [-] UCSC Ensembl Mir-10-P2d chr14: 115006686-115006742 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCAGCCAUUGUGACUGCAUGCUCCCAGGCUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGAAUUACAUCAAGGGAGAUAACUGUACAGCCUCCUAGCUUUCCUUGGGUCUUGCACUAAACAACAUGGUGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCAUUGUGACUGCA U---| CU G U UAGAAUUACA UGC CCCAGG GAG UAG AGGUUGUAUAGUU \ ACG GGGUUC UUC AUC UCCGACAUGUCAA U AGAGUGGUACAACAAAUC- UUCU^ CU G C UAGAGGGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mml-Let-7-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-let-7a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mml-Let-7-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0031041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-let-7a-2-3p |