MirGeneDB 2.1
MirGeneDB ID

Cin-Let-7-P1

Family name LET-7 (all species)
Seed GAGGUAG
Species Sea Squirt (Ciona intestinalis)
MiRBase ID cin-let-7d
Paralogues Cin-Let-7-P2o1-v1  Cin-Let-7-P2o1-v2  Cin-Let-7-P2o2  Cin-Let-7-P2o3  Cin-Let-7-P2o4  Cin-Let-7-P2o5 
Orthologues Aae-Let-7  Aca-Let-7-P1b  Aca-Let-7-P1c  Aca-Let-7-P1d  Ami-Let-7-P1b  Ami-Let-7-P1c  Ami-Let-7-P1d  Bge-Let-7  Bpl-Let-7  Bta-Let-7-P1b  Bta-Let-7-P1c  Bta-Let-7-P1d  Cfa-Let-7-P1b  Cfa-Let-7-P1c  Cfa-Let-7-P1d  Cgi-Let-7  Cli-Let-7-P1c  Cli-Let-7-P1d  Cmi-Let-7-P1d  Cpi-Let-7-P1b  Cpi-Let-7-P1c  Cpi-Let-7-P1d  Cpo-Let-7-P1b  Cpo-Let-7-P1c  Cpo-Let-7-P1d  Cte-Let-7  Dan-Let-7  Dma-Let-7  Dme-Let-7  Dmo-Let-7  Dno-Let-7-P1c  Dno-Let-7-P1d  Dpu-Let-7  Dre-Let-7-P1b1  Dre-Let-7-P1b2  Dre-Let-7-P1c1  Dre-Let-7-P1c2  Dre-Let-7-P1d1  Dre-Let-7-P1d2  Dsi-Let-7  Dya-Let-7  Ebu-Let-7-P1e  Esc-Let-7  Ete-Let-7-P1b  Ete-Let-7-P1c  Ete-Let-7-P1d  Gga-Let-7-P1c  Gga-Let-7-P1d  Gja-Let-7-P1b  Gja-Let-7-P1c  Gja-Let-7-P1d  Gmo-Let-7-P1b1  Gmo-Let-7-P1b2  Gmo-Let-7-P1c2  Gmo-Let-7-P1d1  Gmo-Let-7-P1d2  Hme-Let-7  Hsa-Let-7-P1b  Hsa-Let-7-P1c  Hsa-Let-7-P1d  Isc-Let-7  Lan-Let-7  Lch-Let-7-P1b  Lch-Let-7-P1c  Lch-Let-7-P1d  Lgi-Let-7  Loc-Let-7-P1b  Loc-Let-7-P1c  Loc-Let-7-P1d  Mal-Let-7-P1b1  Mal-Let-7-P1b2  Mal-Let-7-P1c2  Mal-Let-7-P1d1  Mal-Let-7-P1d2  Mdo-Let-7-P1b  Mdo-Let-7-P1d  Mml-Let-7-P1b  Mml-Let-7-P1c  Mml-Let-7-P1d  Mmu-Let-7-P1b  Mmu-Let-7-P1c  Mmu-Let-7-P1d  Mun-Let-7-P1b  Mun-Let-7-P1c  Mun-Let-7-P1d  Npo-Let-7  Oan-Let-7-P1b  Oan-Let-7-P1c  Oan-Let-7-P1d  Obi-Let-7  Ocu-Let-7-P1b  Ocu-Let-7-P1c  Ocu-Let-7-P1d  Ovu-Let-7  Pbv-Let-7-P1b  Pbv-Let-7-P1c  Pbv-Let-7-P1d  Pfl-Let-7  Pma-Let-7-P1o1  Pmi-Let-7  Rno-Let-7-P1b  Rno-Let-7-P1c  Rno-Let-7-P1d  Sha-Let-7-P1b  Sha-Let-7-P1c  Sha-Let-7-P1d  Sko-Let-7  Spt-Let-7-P1b  Spt-Let-7-P1c  Spt-Let-7-P1d  Spu-Let-7  Sto-Let-7-P1b  Sto-Let-7-P1c  Sto-Let-7-P1d  Tca-Let-7  Tgu-Let-7-P1c  Tgu-Let-7-P1d  Tni-Let-7-P1b1  Tni-Let-7-P1b2  Tni-Let-7-P1d1  Tni-Let-7-P1d2  Xbo-Let-7  Xla-Let-7-P1b3  Xla-Let-7-P1b4  Xla-Let-7-P1c3  Xla-Let-7-P1c4  Xtr-Let-7-P1b  Xtr-Let-7-P1c 
Node of Origin (locus) Olfactores
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(ci3)		 10: 1022546-1022607 [-] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Let-7-P1)		 Mir-10-P3 10: 1022411-1022462 [-] UCSC Ensembl
Let-7-P1 10: 1022546-1022607 [-] UCSC Ensembl
Mir-10-P2 10: 1023005-1023063 [-] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAAAAAAGACAUUUGUCAGCUAUUCGUGGCUGAGGUAGUUGGUUGUAUUGUUUCCCUUGUGUAAUGUUAACUAUACAGCCCGCUAGCUUAACCAUGGUUGCUAACUAUCCACGAAUAAAAGC
Get precursor sequence
Structure
        10           20        30        40        50        60
AAAAAAAGACAUUUGUC---|  UAU      C    G    U        U   UCCCUUG 
                    AGC   UCGUGG UGAG UAGU GGUUGUAU GUU       U
                    UCG   GGUACC AUUC AUCG CCGACAUA CAA       G
CGAAAAUAAGCACCUAUCAA^  UU-      A    G    C        U   UUGUAAU 
120       110       100         90        80        70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Cr Cr Cr Cr Cr Cr Cr Cr Cr Cr Ga La La
Mature sequence

Cin-Let-7-P1_5p
mirBase accessionMIMAT0006089
Sequence 
0- UGAGGUAGUUGGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
Star sequence

Cin-Let-7-P1_3p*
mirBase accessionMIMAT0015250
Sequence 
40- CUAUACAGCCCGCUAGCUUAAC -62
Get sequence