MirGeneDB ID | Ami-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-let-7c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1d Ami-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c2 Ami-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1c Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1c Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1c Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1c Gmo-Let-7-P1c2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1c Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1c Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1c Mal-Let-7-P1c2 Mml-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1c Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1c Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1c Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1c Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1c Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1c Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1c Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 Xtr-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713645.1: 37235566-37235632 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1c) |
Mir-10-P2c
NW_017713645.1: 37234796-37234854 [+]
UCSC
Let-7-P1c NW_017713645.1: 37235566-37235632 [+] UCSC Mir-10-P3c NW_017713645.1: 37281665-37281726 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCACCGUUGGAAUCUGUGUGCAUCCGGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUAGAGUUACACCCUGGGAGUUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCUUGGAGCACACUUGAGCCAUCGAGGAAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCACCGUUGGAAUCUG---| A UU G U UAGAGUUACA UGUGC UCCGGG GAG UAG AGGUUGUAUGGUU \ ACACG AGGUUC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C CUUAAGGAGCUACCGAGUUC^ - CU G U UUGAGGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Let-7-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Let-7-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -67
Get sequence
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