MirGeneDB ID | Hsa-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-let-7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Let-7-P1b Hsa-Let-7-P1d Hsa-Let-7-P2a1 Hsa-Let-7-P2a2 Hsa-Let-7-P2a3 Hsa-Let-7-P2b1 Hsa-Let-7-P2b2 Hsa-Let-7-P2b3 Hsa-Let-7-P2c1 Hsa-Let-7-P2c2 Hsa-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1c Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1c Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1c Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1c Gmo-Let-7-P1c2 Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1c Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1c Mal-Let-7-P1c2 Mml-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1c Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1c Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1c Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1c Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1c Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1c Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1c Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 Xtr-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr21: 16539838-16539904 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1c) |
Mir-10-P2c
chr21: 16539101-16539159 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1c chr21: 16539838-16539904 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAACAUUGGAAGCUGUGUGCAUCCGGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUAGAGUUACACCCUGGGAGUUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCUUGGAGCACACUUGAGCCGUCGAGGAAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAACAUUGGAAGCUG---| A UU G U UAGAGUUACA UGUGC UCCGGG GAG UAG AGGUUGUAUGGUU \ ACACG AGGUUC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C CUUAAGGAGCUGCCGAGUUC^ - CU G U UUGAGGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hsa-Let-7-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000064 TargetScanVert: hsa-let-7c-5p miRDB: MIMAT0000064 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hsa-Let-7-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-let-7c-3p miRDB: MIMAT0026472 |