MirGeneDB ID | Pma-Let-7-P1o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-let-7a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Let-7-P2o13 Pma-Let-7-P2o14 Pma-Let-7-P2o15 Pma-Let-7-P2o16 Pma-Let-7-P2o17 Pma-Let-7-P2o18 Pma-Let-7-P2o19 Pma-Let-7-P2o20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046100.1: 8235683-8235748 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1o1) |
Mir-10-P2o1
NC_046100.1: 8228227-8228284 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1o1 NC_046100.1: 8235683-8235748 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3o1 NC_046100.1: 8251849-8251907 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACACUUGAGCCUCCGCGCGUCUUCGGGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGCAUUACACCUACGGAGAUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCCCGCGGGCGCGCAACGCAGCCACCGCCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUACACUUGAGCCUCCG-| U U G U UAGCAUUACA CGCGUCU CGGGG GAG UAG AGGUUGUAUAGUU \ GCGCGGG GCCCC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C AGCCGCCACCGACGCAAC^ C U G U UAGAGGCAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Let-7-P1o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Pma-Let-7-P1o1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUC -66
Get sequence
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