| MirGeneDB ID | Pma-Mir-10-P2o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-100a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-10-P1o1 Pma-Mir-10-P1o2 Pma-Mir-10-P2o2 Pma-Mir-10-P3o1 Pma-Mir-10-P3o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lgi-Mir-10-P2 Lpo-Mir-10-P2o Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P2 Ovu-Mir-10-P2 Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Sko-Mir-10-P2 Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046100.1: 8228227-8228284 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2o1) |
Mir-10-P2o1
NC_046100.1: 8228227-8228284 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1o1 NC_046100.1: 8235683-8235748 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3o1 NC_046100.1: 8251849-8251907 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCGGGGCUGGAUUCCGCCGGUCGCCACAAACCCGUAGAUCCGAACUUGUGGUGGGAGUUUUGCACAAGCUCGUGUCUACGGGUCUGUGUCGGCAGGGCACGCACACGCAGCCACUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGCGGGGCUGGAUUCC- G-| C A UC A GUGGG GCC GUCG CACA ACCCGUAGA CGA CUUGUG A CGG CGGC GUGU UGGGCAUCU GCU GAACAC G CUCACCGACGCACACGCA GA^ U C GU C GUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pma-Mir-10-P2o1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0019437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACCCGUAGAUCCGAACUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pma-Mir-10-P2o1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0019438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAGCUCGUGUCUACGGGUCUG -58
Get sequence
|
