MirGeneDB ID | Xtr-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-let-7e-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Let-7-P1b Xtr-Let-7-P1c Xtr-Let-7-P2a2 Xtr-Let-7-P2a3 Xtr-Let-7-P2b2 Xtr-Let-7-P2b3 Xtr-Let-7-P2c2 Xtr-Let-7-P2c3 Xtr-Let-7-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a1 Cmi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a1 Gmo-Let-7-P2a1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a1 Mal-Let-7-P2a1a Mdo-Let-7-P2a1 Mml-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a1 Mun-Let-7-P2a1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a1 Sha-Let-7-P2a1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a1 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a1c Xla-Let-7-P2a1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
AIUY381245_421853568: 410-481 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGCUCUCUGGCGCCACCGCCCUGUGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUUUAGUUAUUGGGCCGCACCCACCAAUGGGAGAGAACUACACAACCUACUGUCUCUCCUAAAGUGGCCGGAAUCUCCUCACGACCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGCUCUCUGGCGCCACC- -| G U GU U AUUGGGCCGCACC GCC CU UGGGA GAG AGUAGGUUGU UAGUU \ CGG GA AUCCU CUC UCAUCCAACA AUCAA C CACCAGCACUCCUCUAAGGC U^ A - UG C GAGAGGGUAACCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Let-7-P2a1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUUUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-let-7e |
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Star sequence | Xtr-Let-7-P2a1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
51- CUACACAACCUACUGUCUCUC -72
Get sequence
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