MirGeneDB ID | Gga-Let-7-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-let-7k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1d Gga-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b2 Gga-Let-7-P2b4 Gga-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c2 Gga-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2a4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2a4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gja-Let-7-P2a4 Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a4 Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mun-Let-7-P2a4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a4 Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
26: 1650925-1650995 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a4) |
Let-7-P2b4
26: 1650720-1650797 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a4 26: 1650925-1650995 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGGCAAUGGUCCCAAGCUGUCCUUGAGGCUGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUUGUGGAGUCCUAUCCUCCCUUUGAGCUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAAGGAGACAGUCAGAUCUUCAGUUCGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGCAAUGGUCCCAAG- -| G CU GU A GUGGAGUCCUAU CUGUC CUU AGG GAG AGUAGAUUG AUAGUU C GACAG GGA UCC UUC UCAUCUAAC UAUCAA C CUGCUUGACUUCUAGACU A^ A U- UG A UCGAGUUUCCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Let-7-P2a4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-let-7k-5p miRDB: MIMAT0001182 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gga-Let-7-P2a4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-let-7k-3p miRDB: MIMAT0026543 |