MirGeneDB ID | Pbv-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Let-7-P1b Pbv-Let-7-P1c Pbv-Let-7-P1d Pbv-Let-7-P2a1 Pbv-Let-7-P2a2 Pbv-Let-7-P2a3 Pbv-Let-7-P2a4 Pbv-Let-7-P2b1 Pbv-Let-7-P2b2 Pbv-Let-7-P2b4 Pbv-Let-7-P2c1 Pbv-Let-7-P2c2 Pbv-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE954158.1: 74654-74731 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2a3
KE954158.1: 74219-74289 [+]
Let-7-P2b3 KE954158.1: 74654-74731 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGUUUGUGCAUCUUGCUCCUACCAGGGUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGUAGGGAUUUGUGCCCCAAAUCAGAGAUAACUAUACAACUUACUACUUUCCCUGUGUGGGGUAAAGUACCCAAGAUUGUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUGUUUGUGCAUCUU--| U - U U GUGGGGUAGGGAUUUG GC CCUAC CAGGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU \ UG GGGUG GUCCC UUUCAUCAUUCAACAUA CAA U UGUGUUAGAACCCAUGAAA^ - U - U UAGAGACUAAACCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Let-7-P2b3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Let-7-P2b3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUAUACAACUUACUACUUUCC -78
Get sequence
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