MirGeneDB ID | Gmo-Let-7-P2b3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-let-7h-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Gmo-Let-7-P1c2 Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Gmo-Let-7-P2a1a Gmo-Let-7-P2a2a Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Gmo-Let-7-P2b1a Gmo-Let-7-P2b2a Gmo-Let-7-P2b3b Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Gmo-Let-7-P2c2a Gmo-Let-7-P2c2b Gmo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2603: 770560-770640 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3a) |
Let-7-P2a3a
GeneScaffold_2603: 770245-770315 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b3a GeneScaffold_2603: 770560-770640 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUAAUGUCCGAAUCUGGCUAUGCUGUGGUGAGGUAGUAAGUUGUGUUGUUGUUGGGGAUCAGGAUUAUUCACCCCGUUCAGGAGAUAACUAUACAACUUACUGCCUUCCUCAGUGUAGGCCCUGAACAUCAUGGUGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UAUUAAUGUCCGAAUCU- -| U U U GUUGGGGAUCAGGAUUA GG CUAUGCUG GG GAGGUAGUAAGUUGUGU GUU U CC GAUGUGAC CC UUCCGUCAUUCAACAUA CAA U GUGGUGGUACUACAAGUC G^ U - U UAGAGGACUUGCCCCAC . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U is supported by the conservation of Let7-P2 processing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Let-7-P2b3a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUGUUGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Let-7-P2b3a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
60- CUAUACAACUUACUGCCUUCC -81
Get sequence
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