MirGeneDB ID | Gmo-Let-7-P2b4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-let-7a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Gmo-Let-7-P1c2 Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Gmo-Let-7-P2a1a Gmo-Let-7-P2a2a Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Gmo-Let-7-P2b1a Gmo-Let-7-P2b2a Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2c2a Gmo-Let-7-P2c2b Gmo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig98176: 498-574 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4b) |
Let-7-P2b4b
contig98176: 498-574 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a4b contig98176: 705-775 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUUUUCUACUCGAGCUAGACCUUGCGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGUGGGAUGGAUUGAAUCCUUAUUUUGGUGAUAACUAUACAGUCUAGUGCCUUUCUCGAGAGGUGUAAAGAAACGCUGGGAUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUUUCUACUCGAGCU--|G UG U G GU UGUGGGAUGGAUUGA A ACCU CGAGG GAGGUA UAG UGUAUAGUU A U UGGA GCUCU UUCCGU AUC ACAUAUCAA U UCGUAGGGUCGCAAAGAAA^G GA - G UG UAGUGGUUUUAUUCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U is supported by the conservation of Let7-P2 processing and the sequenced 3' DcRNA reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Let-7-P2b4b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Let-7-P2b4b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAGUCUAGUGCCUUUC -77
Get sequence
|