MirGeneDB ID | Dre-Let-7-P2b4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-let-7a-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Let-7-P1b1 Dre-Let-7-P1b2 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dre-Let-7-P1d1 Dre-Let-7-P1d2 Dre-Let-7-P2a1a Dre-Let-7-P2a2a Dre-Let-7-P2a2b Dre-Let-7-P2a3a Dre-Let-7-P2a3b Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dre-Let-7-P2b1a Dre-Let-7-P2b2a Dre-Let-7-P2b2b Dre-Let-7-P2b3a Dre-Let-7-P2b4b Dre-Let-7-P2c2b Dre-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr23: 5431216-5431292 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4a) |
Let-7-P2b4a
chr23: 5431216-5431292 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a4a chr23: 5431431-5431503 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGUACGUGUUUUUGGUGUCUGGACAAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGUGGGAGGGAUCAAACCCUGUUCAGCUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCUUGUGUCACCUAAGGUCUGCCCGCUAAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAGUACGUGUUUUUGGUGUC- -| U GU UGGUGGGAGGGAUCA UGG ACAAGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU A ACU UGUUCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA A GGUAAUCGCCCGUCUGGAAUCC G^ - UG UAGUCGACUUGUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U is supported by the 3' moR reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Let-7-P2b4a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001759 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-let-7a |
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Star sequence | Dre-Let-7-P2b4a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
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