MirGeneDB ID | Gmo-Let-7-P2b4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-let-7a-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Gmo-Let-7-P1c2 Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Gmo-Let-7-P2a1a Gmo-Let-7-P2a2a Gmo-Let-7-P2a3a Gmo-Let-7-P2a3b Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Gmo-Let-7-P2b1a Gmo-Let-7-P2b2a Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Gmo-Let-7-P2b4b Gmo-Let-7-P2c2a Gmo-Let-7-P2c2b Gmo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2185: 88263-88338 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4a) |
Let-7-P2a4a
GeneScaffold_2185: 88019-88090 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b4a GeneScaffold_2185: 88263-88338 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUUCAGGUUCCUAUGUGUUCUGUCAGGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGUGGGAGGGAUCAGCCCUGCUCAGGUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCCUGAGGACCACACUAAACGCAUACAAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUUCAGGUUCCUAUGU----| UG U GU UGGUGGGAGGGAUCA GUUC UCAGGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU \ CAGG AGUCCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA G AGGAAACAUACGCAAAUCACAC^ -- - UG UAGUGGACUCGUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Let-7-P2b4a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Let-7-P2b4a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
55- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -76
Get sequence
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