MirGeneDB ID | Gja-Let-7-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1d Gja-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a2 Gja-Let-7-P2a3 Gja-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b2 Gja-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2c2 Gja-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c1 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c1 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c1 Mun-Let-7-P2c1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c1 Sha-Let-7-P2c1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015172556.1: 1620881-1620955 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUUGCAGAAGAAGUGGUGGGUUCCUAGGAAGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUUUUAGGGCAGUGGUUUUGCCCACAAGGAGUUAACUAUACAACCUGCUGCCUUUCUUAGGGCUUUAAAAUUACAACAGGAUCGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUUGCAGAAGAAGUGGU---| U A C UUAGGGCAGUGGUU GGGU CCUAGGA GAGGUAGUAGGUUG AUAGUU U UUCG GGAUUCU UUCCGUCGUCCAAC UAUCAA U AUGCUAGGACAACAUUAAAAU^ - - A UUGAGGAACACCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Let-7-P2c1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Gja-Let-7-P2c1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- CUAUACAACCUGCUGCCUUUC -75
Get sequence
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