MirGeneDB ID | Eca-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-448 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-448 Cfa-Mir-448 Cja-Mir-448 Cpo-Mir-448 Ete-Mir-448 Hsa-Mir-448 Laf-Mir-448 Mml-Mir-448 Mmr-Mir-448 Mmu-Mir-448 Ocu-Mir-448 Pab-Mir-448 Rno-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 94994786-94994865 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-448) |
Mir-1911
CM009179.1: 94950412-94950470 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-448 CM009179.1: 94994786-94994865 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGUUAACCUUCACAUGGGCGGGGAGGUUGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCCAGGAAAUCCCCAUUUUAUACUAAGAGGGGGCUGGCUGGUUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAUCUCCCCGCCCGCUUCAUCAGGACAGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GCAGUUAACCUUCACAU-| UGA G U AGGAAAUCCCCAUUUUA GGGCGGGGAGGU ACAUCCUGCAUA UGC GCC U CCCGCCCCUCUA UGUAGGAUGUAU ACG UGG A UUAGACAGGACUACUUCG^ CCC - U UCGGUCGGGGGAGAAUC . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-448_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAACAUCCUGCAUAGUGCUGCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-448_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
60- UUGCAUAUGUAGGAUGUCCC -80
Get sequence
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