MirGeneDB ID | Eca-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1911 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1911 Cfa-Mir-1911 Cja-Mir-1911 Hsa-Mir-1911 Mml-Mir-1911 Mmr-Mir-1911 Ocu-Mir-1911 Pab-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 94950412-94950470 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1911) |
Mir-1298
CM009179.1: 94904640-94904713 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1911 CM009179.1: 94950412-94950470 [+] UCSC Ensembl Mir-448 CM009179.1: 94994786-94994865 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCAUCCAUCAUCAUUCGCUGGGCAUUUGCUGAGUACCGCCAUGUCUGUUGGGCAUCCACAGUCUCCCACCAGCCAUUGUGGUCUCUGCUGGUGCUCUGCCAUUUCACCACCAGUGCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCAUCCAUCAUCAUUC--| U UU U U C U U CAUCC GC GGGCAU GC GAG ACCGC AUG CUG UGGG A CG CUCGUG CG CUC UGGUG UAC GAC ACCC C UCCGUGACCACCACUUUAC^ U GU U - U C C UCUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-1911_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUACCGCCAUGUCUGUUGGG -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-1911_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0034704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CACCAGCCAUUGUGGUCUCUGC -59
Get sequence
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