MirGeneDB ID | Ete-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-877 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-877 Cfa-Mir-877 Cja-Mir-877 Hsa-Mir-877 Laf-Mir-877 Mml-Mir-877 Mmr-Mir-877 Mmu-Mir-877 Pab-Mir-877 Rno-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980348: 10660639-10660723 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGACGCGGCUGCCGAGCGGCUGGAGAAGGUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACACGGGCGGAGACUGGGGCUGGCUGGGGUCCUCCAACAUGUGUCCUCUUCUCCCUCCUCCCAGGUGUAUGAGGAGUUGCGAGCCACAGGGGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GACGACGCGGCUGCCGA---------| G A A U A UGGCGC CGGGCGGAGACUGGGGCU GCG CUGG GA GG AG GGAGA AGGGGACA G UGU GACC CU CC UC CCUCU UCUCCUGU G GCGGGGACACCGAGCGUUGAGGAGUA^ G - - - - ------ GUACAACCUCCUGGGGUC 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-877 is a conserved mirtron cut at both ends by the spliceosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ete-Mir-877_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACA -24
Get sequence
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Star sequence | Ete-Mir-877_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
64- UCCUCUUCUCCCUCCUCCCAG -85
Get sequence
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