MirGeneDB ID | Mmu-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-877 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-877 Cfa-Mir-877 Cja-Mir-877 Ete-Mir-877 Hsa-Mir-877 Laf-Mir-877 Mml-Mir-877 Mmr-Mir-877 Pab-Mir-877 Rno-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr17: 35960730-35960814 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGACACUGCUGCUGAGAAACUAGAAAAGGUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACACAAGGUAGGCCUUGCGGGUCUGUGGACCCUUGGACAUGUGUCCUCUUCUCCCUCCUCCCAGGUGUAUGAGGAACUGCGAGCUACCGGGGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GAUGACACUGCUGCUGAGAAACUAGAAAA---| UA AU CGC CAAGGUAGGCCUUGCGGG GG GAGGAG GG AGGGGACA U CC CUCCUC CC UCUCCUGU C ACGGGGCCAUCGAGCGUCAAGGAGUAUGUGGA^ -- -- UCU GUACAGGUUCCCAGGUGU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-877 is a conserved mirtron cut at both ends by the spliceosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-877_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACA -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004861 TargetScanVert: mmu-miR-877-5p miRDB: MIMAT0004861 |
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Star sequence | Mmu-Mir-877_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
64- UCCUCUUCUCCCUCCUCCCAG -85
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004862 TargetScanVert: mmu-miR-877-3p miRDB: MIMAT0004862 |