MirGeneDB ID | Gga-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-451 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-451 Ami-Mir-451 Bta-Mir-451 Cfa-Mir-451 Cja-Mir-451 Cli-Mir-451 Cmi-Mir-451 Cpi-Mir-451 Cpo-Mir-451 Dno-Mir-451 Dre-Mir-451 Ebu-Mir-451 Eca-Mir-451 Ete-Mir-451 Gja-Mir-451 Gmo-Mir-451 Hsa-Mir-451 Laf-Mir-451 Lch-Mir-451 Loc-Mir-451 Mal-Mir-451 Mdo-Mir-451 Mml-Mir-451 Mmr-Mir-451 Mmu-Mir-451 Mun-Mir-451 Neu-Mir-451 Oan-Mir-451 Ocu-Mir-451 Pab-Mir-451 Pma-Mir-451 Rno-Mir-451 Sha-Mir-451 Spt-Mir-451 Sto-Mir-451 Tgu-Mir-451 Tni-Mir-451 Xla-Mir-451-P1 Xla-Mir-451-P2 Xtr-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
19: 6010684-6010725 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-451) |
Mir-451
19: 6010684-6010725 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144 19: 6010840-6010897 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGCAGCCAAGGACACAUGGCUGGCAGGGAAACCGUUACCAUUACUGAGUUUAGUAAUGGUAACGGUUCUGCUGACAGCCAGGCAUGCAGCGAGGAAUGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAUGCAGCCAAGGACACA-- G -| A A UGGCUG CAG GGAA CCGUUACCAUUACUG G ACCGAC GUC UCUU GGCAAUGGUAAUGAU U GGGUAAGGAGCGACGUACGG A G^ - U 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 4, Kim et al. 2016) miRNA there is no discrete 3p read and the 3' end of the mature miRNA is somewhat arbitrary. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | NA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-451_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAACCGUUACCAUUACUGAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-451 miRDB: MIMAT0003775 |