MirGeneDB ID | Gmo-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-451 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-451 Ami-Mir-451 Bta-Mir-451 Cfa-Mir-451 Cja-Mir-451 Cli-Mir-451 Cmi-Mir-451 Cpi-Mir-451 Cpo-Mir-451 Dno-Mir-451 Dre-Mir-451 Ebu-Mir-451 Eca-Mir-451 Ete-Mir-451 Gga-Mir-451 Gja-Mir-451 Hsa-Mir-451 Laf-Mir-451 Lch-Mir-451 Loc-Mir-451 Mal-Mir-451 Mdo-Mir-451 Mml-Mir-451 Mmr-Mir-451 Mmu-Mir-451 Mun-Mir-451 Neu-Mir-451 Oan-Mir-451 Ocu-Mir-451 Pab-Mir-451 Pma-Mir-451 Rno-Mir-451 Sha-Mir-451 Spt-Mir-451 Sto-Mir-451 Tgu-Mir-451 Tni-Mir-451 Xla-Mir-451-P1 Xla-Mir-451-P2 Xtr-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig314418: 488-531 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-451) |
Mir-144-v1
contig314418: 343-401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 contig314418: 343-401 [+] UCSC Ensembl Mir-451 contig314418: 488-531 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCAGGACCGCCUGAUGGAGGGAGGCAGUGAAACCGUUACCAUUACUGAGUUUUUAGCAAUGGUAAGGGUUCCCCGGCCUUCACUCAAACCCUUCUGGCUCGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCAGGACCGCCUGAUG- -| AGUGA G A G GAG GGAGGC AACC UUACCAUU CUGA U CUC CUUCCG UUGG AAUGGUAA GAUU U AAGCUCGGUCUUCCCAAA A^ GCCCC G C U 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | As a non-canonical (Group 4, Kim et al. 2016) miRNA there is no discrete 3p read and the 3' end of the mature miRNA is somewhat arbitrary. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | NA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-451_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAACCGUUACCAUUACUGAGUU -22
Get sequence
|