MirGeneDB ID | Eca-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-451 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-451 Ami-Mir-451 Bta-Mir-451 Cfa-Mir-451 Cja-Mir-451 Cli-Mir-451 Cmi-Mir-451 Cpi-Mir-451 Cpo-Mir-451 Dno-Mir-451 Dre-Mir-451 Ebu-Mir-451 Ete-Mir-451 Gga-Mir-451 Gja-Mir-451 Gmo-Mir-451 Hsa-Mir-451 Laf-Mir-451 Lch-Mir-451 Loc-Mir-451 Mal-Mir-451 Mdo-Mir-451 Mml-Mir-451 Mmr-Mir-451 Mmu-Mir-451 Mun-Mir-451 Neu-Mir-451 Oan-Mir-451 Ocu-Mir-451 Pab-Mir-451 Pma-Mir-451 Rno-Mir-451 Sha-Mir-451 Spt-Mir-451 Sto-Mir-451 Tgu-Mir-451 Tni-Mir-451 Xla-Mir-451-P1 Xla-Mir-451-P2 Xtr-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009158.1: 43071876-43071917 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-451) |
Mir-451
CM009158.1: 43071876-43071917 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 CM009158.1: 43072038-43072095 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 CM009158.1: 43072038-43072095 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGACUGCCAGGGCACUUGGGAAUGUCGAGGAAACCGUUACCAUUACUGUGUUUAGUAAUGGUAACGGUUCUCUUGCUGUACCCAGAAAACGUGCCACGAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGACUGCCAGGGCACUU--| A U GA U GGG AUG CGAG AACCGUUACCAUUACUG G CCC UGU GUUC UUGGCAAUGGUAAUGAU U AGAAGCACCGUGCAAAAGA^ A C UC U 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 4, Kim et al. 2016) miRNA there is no discrete 3p read and the 3' end of the mature miRNA is somewhat arbitrary. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | NA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-451_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAACCGUUACCAUUACUGUGUU -22
Get sequence
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