MirGeneDB ID | Gmo-Mir-214-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-214-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-214-P1 Gmo-Mir-214-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mal-Mir-214-P2-v1 Mal-Mir-214-P2-v2 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 Tni-Mir-214-P2-v1 Tni-Mir-214-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4457: 214260-214322 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-P2-v1) |
Mir-214-P2-v1
GeneScaffold_4457: 214260-214322 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-214-P2-v2 GeneScaffold_4457: 214261-214321 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGAUUGGCUGAACCAGCCGCAGUGUGUCUGCCUGUCUUCACUUGCUGUGCAGUAAUUGGUUCAGCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGACGUCAGCCACUCAAGGACCGACUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUGAUUGGCUGAACCA--| CGCA G UCA AGUAAUUG GC GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CG CA ACAGACGGACAGA GGACGACAUG G CAGUCAGCCAGGAACUCAC^ ACUG G CAC UCCGACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-214-P2-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0046035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUUCACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-214-P2-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -63
Get sequence
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