MirGeneDB ID | Isc-Bantam-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Isc-Bantam-P9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | I. scapularis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P9b) |
Bantam-P9a
NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+]
Ensembl
Bantam-P9b NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCAUCGGCCGAAGAAACGCCAGACAAAACUGGUUUUCACAAUGAUCGUCCAGAUGGACCUGAAGUCUGAGAUCAUUGUGAAAGCUGAUUUUGUUGAUUCAGAGCUUCACGUCCACCACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGCAUCGGCCGAAGAAACGCCA--| CU GUC UGGAC GACAAAA GGUUUUCACAAUGAUC CAGA \ UUGUUUU UCGAAAGUGUUACUAG GUCU C CCACCACCUGCACUUCGAGACUUAG^ AG A-- GAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Isc-Bantam-P9b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGUUUUCACAAUGAUCGUCCAGA -25
Get sequence
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Mature sequence | Isc-Bantam-P9b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGAGAUCAUUGUGAAAGCUGAUU -61
Get sequence
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