MirGeneDB ID | Esc-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Bantam Asu-Bantam-o1 Asu-Bantam-o2 Asu-Bantam-o3 Bge-Bantam Bpl-Bantam Cbr-Bantam-P1a Cbr-Bantam-P1b Cbr-Bantam-P2 Cbr-Bantam-P3 Cbr-Bantam-P4 Cel-Bantam-P1 Cel-Bantam-P2 Cel-Bantam-P3 Cel-Bantam-P4 Cel-Bantam-P5a Cel-Bantam-P5b Cel-Bantam-P5c Cgi-Bantam Csc-Bantam-P16 Csc-Bantam-P17 Cte-Bantam Dan-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Efe-Bantam-P6 Efe-Bantam-P7 Efe-Bantam-P8 Hme-Bantam Isc-Bantam-P9a Isc-Bantam-P9b Lan-Bantam Lgi-Bantam Lpo-Bantam-P10 Lpo-Bantam-P11 Lpo-Bantam-P12 Lpo-Bantam-P13 Lpo-Bantam-P14 Lpo-Bantam-P15 Npo-Bantam Ovu-Bantam Sme-Bantam-P18 Sme-Bantam-P19 Sme-Bantam-P20 Tca-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Bantam_pre_SRIE01001501.1:3030239-3030378: 40-101 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGAAGAGGAUUUUCAAGACAGACGAAACUGGUUUUCACAAUGAUUUUGCAGAAUGUGUAAGACUUCUGAGAUCAUUGUGAAAACUGGUUUUGUUACGGACGUCGACAGAUGAGACGUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUGAAGAGGAUUUUCAAGACA--| UG UG AUGUG GACGAAAC GUUUUCACAAUGAUUU CAGA U UUGUUUUG CAAAAGUGUUACUAGA GUCU A GGUGCAGAGUAGACAGCUGCAGGCA^ GU -- UCAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Bantam_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGUUUUCACAAUGAUUUUGCAGA -25
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Bantam_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAGAUCAUUGUGAAAACUGGUU -62
Get sequence
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