MirGeneDB ID | Cel-Bantam-P5a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-2209a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Bantam-P1 Cel-Bantam-P2 Cel-Bantam-P3 Cel-Bantam-P4 Cel-Bantam-P5b Cel-Bantam-P5c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 1027102-1027164 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P5a) |
Bantam-P5b
chrIV: 1021303-1021365 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2208-P1 chrIV: 1021772-1021832 [+] UCSC Ensembl Mir-2208-P2 chrIV: 1026580-1026640 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5a chrIV: 1027102-1027164 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5c chrIV: 1027219-1027281 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCAACAACCAUGACUCUCAGGAAUGGUGAGUGUAACCACUCUUCUCCUUCCGAGUAUUGAUUAUCGAGAAGAGAUCAGCGGUUACACUACAUUAUUAGUAAGAGUCCUUAUUCAUAUUCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCCAACAACCAUGACU-- CAGG -| A CU C CGAGUAUU CU AAUGGUG AGUGUAACC CU UCUC UUC \ GA UUAUUAC UCACAUUGG GA AGAG AAG G GCCUUAUACUUAUUCCUGA AUGA A^ C CU - AGCUAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cel-Bantam-P5a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0011431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGUAACCACUCUUCUCCUUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011431 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cel-Bantam-P5a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0011432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AGAGAUCAGCGGUUACACUACA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011432 TargetScanWorm: cel-miR-2209a |