MirGeneDB ID | Lpo-Bantam-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Bantam-P10 Lpo-Bantam-P11 Lpo-Bantam-P12 Lpo-Bantam-P13 Lpo-Bantam-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Bantam Bge-Bantam Bpl-Bantam Cgi-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Esc-Bantam Hme-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Npo-Bantam Ovu-Bantam Tca-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013670945.1: 64919-64979 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAAGGUGCUGGUACGGGUUUUUGACAAAACUGGUUUUCAUAGUGGUUUCCCAGAUGUCUGUUAGAUCUGAGAUCACUGUGAAAGCUGAUUUUGUUGUCUGGACAACGCAGAAGUUUGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAAGGUGCUGGUACGGGUUUUU--| CU CCAGAUGUC GACAAAA GGUUUUCAUAGUGGUUUC \ UUGUUUU UCGAAAGUGUCACUAGAG U GUUGUUUGAAGACGCAACAGGUCUG^ AG UCUAGAUUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Bantam-P14_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGUUUUCAUAGUGGUUUCCCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Bantam-P14_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGAGAUCACUGUGAAAGCUGAUU -61
Get sequence
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