MirGeneDB ID | Laf-Mir-885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-885 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCAUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-885 Cfa-Mir-885 Cja-Mir-885 Dno-Mir-885 Eca-Mir-885 Hsa-Mir-885 Mml-Mir-885 Mmr-Mir-885 Ocu-Mir-885 Pab-Mir-885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010039.1: 36604436-36604489 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGAGCCUACCGCCUGGCCCGCACUCUCUCCAUUACACUACCCUGCCUCUUCUCCACGAGAGGCAGCGGGGUGUAGUGGAUAGAGCACGGGUUCAAGUCCCGGCUCCACCGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGAGCCUACCGCCU--| CA C A - UCU GGCCCG CUCU UCCAUUACACU CC CUGCCUCU C UUGGGC GAGA AGGUGAUGUGG GG GACGGAGA C CGCCACCUCGGCCCUGAAC^ AC U - C GCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-885_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCAUUACACUACCCUGCCUCU -22
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-885_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AGGCAGCGGGGUGUAGUGGAUA -54
Get sequence
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