MirGeneDB ID | Mmu-Mir-676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-676 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-676 Cja-Mir-676 Cpo-Mir-676 Dno-Mir-676 Eca-Mir-676 Hsa-Mir-676 Laf-Mir-676 Mml-Mir-676 Mmr-Mir-676 Ocu-Mir-676 Pab-Mir-676 Rno-Mir-676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 100381114-100381172 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGCAUCACUACUUUGCCUGAAUGCAUGACUCUACAACCUUAGGACUUGCAGAAUUAAAGGAAUGCCGUCCUGAGGUUGUUGAGCUGUGCGUUUCUGGGCCUUUCAUCUCUACAGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUUGCAUCACUACUUUG- U-| GA U UU GAAUU CC GAAUGCAU CUC ACAACCUUAGGAC GCA A GG UUUGCGUG GAG UGUUGGAGUCCUG CGU A AAGACAUCUCUACUUUCCG UC^ UC U C- AAGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Drosha cut is -1 relative to most other mammals. Although the terminal uridine is templated it is assumed that like the other eutherians it is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-676_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0003781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCUACAACCUUAGGACUUGCA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003781 TargetScanVert: mmu-miR-676-5p miRDB: MIMAT0003781 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-676_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCGUCCUGAGGUUGUUGAGCUG -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003782 TargetScanVert: mmu-miR-676-3p miRDB: MIMAT0003782 |