| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-506-P1f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-509a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-506-P1g Ocu-Mir-506-P1h Ocu-Mir-506-P2a Ocu-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1f) |
Mir-506-P5
chrUn0002: 10678464-10678522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1h chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrUn0002: 10705716-10705773 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1g chrUn0002: 10711587-10711644 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1f chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUAUGUUGACUUGCUGUGUGUGGUACCCUACUCCAGAGAGUGACAAUCAUGUAUUAUUUAAUAUGAUUGAAACCUCUGAGAGUGAGUAACACAUGACACAAACAACAUAUAUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUAUGUUGACUUGCU- -| G CC - A GA UAUU GU GUGUG UAC UACUC CAGAG GU CAAUCAUG A CA UACAC AUG GUGAG GUCUC CA GUUAGUAU U UAGUAUAUACAACAAACA G^ A A- A - AA AAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-506-P1f_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCCAGAGAGUGACAAUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-506-P1f_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAUUGAAACCUCUGAGAGUGA -57
Get sequence
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