MirGeneDB ID | Ocu-Mir-506-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-506-P1f Ocu-Mir-506-P1g Ocu-Mir-506-P1h Ocu-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P2a Cfa-Mir-506-P2a Cja-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2a1 Cpo-Mir-506-P2a2 Eca-Mir-506-P2a Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P2a) |
Mir-506-P5
chrUn0002: 10678464-10678522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1h chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrUn0002: 10705716-10705773 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1g chrUn0002: 10711587-10711644 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1f chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACGUUUUGCUUUAUUUUGUGCAGUGCUCCACUCCAAAGGGCGCCAUUCAGGUACACCAAAUUAUGAUUGGCACUUUUUUGAGUGUGGUAAUUCACAACAUGUACAACUACAUAUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACGUUUUGCUUUAUU--| CAG UC C C U GGUACA UUGUG UGC CACUC AAAGGG GCCA UCA C AACAC AUG GUGAG UUUUUC CGGU AGU C UGUAUACAUCAACAUGUAC^ UUA GU U A U AUUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-506-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUCCAAAGGGCGCCAUUCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-506-P2a_3p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUUGGCACUUUUUUGAGUGUG -58
Get sequence
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